Episodio 1: Convinto che l'Allspark sia stato distrutto, Megatron tenta di fuggire dal pianeta morente. Il piano di Elita per liberare alcuni prigionieri ha una battuta d'arresto.
Episodio 2: Transformers mercenari arrivano sull'Arca alla deriva nello spazio. Improbabili alleati soccorrono gli Autobot imprigionati e Megatron rivela il progetto Nemesis.
Episodio 3: Gli Autobot individuano l'Allspark, ma una stazione spaziale deserta e il suo occupante solitario creano ostacoli. I Decepticon raggiungono l'Arca.
Episodio 4: Megatron deve affrontare una situazione di vita o di morte. Mentre gli Autobot e i Decepticon fanno squadra contro Scorponok, Starscream cerca di prendere il potere.
Episodio 5: Optimus incontra una guida inaspettata che gli mostra un possibile futuro. Megatron incontra un'entità che gli dice che cosa deve togliere a Optimus.
Episodio 1: Megatron vuole che Optimus Prime accetti il suo accordo, mentre Starscream contesta la leadership di Jetfire. Gli Autobot cercano di portare Bumblebee dalla loro parte.
Episodio 2: Un visitatore inatteso si presenta al cospetto di Megatron. Shockwave svela come il leggendario Allspark può annientare gli Autobot. I Decepticon tendono una trappola.
Episodio 3: Optimus ha un piano ma ha bisogno dell'aiuto di Ratchet. Ultra Magnus viene torturato per ottenere informazioni, mentre Starscream semina dissenso tra i Cercatori.
Episodio 4: Elita dubita del piano di Optimus, che prevede tra l'altro di riparare un ponte spaziale. Optimus chiede aiuto ai Guardiani e Bumblebee riceve un grande onore.
Episodio 5: Jetfire offre aiuto a Optimus per impossessarsi dell'Allspark. Bumblebee, Cog e Arcee vanno in missione per procurarsi energon. Wheeljack cerca di far decollare l'Arca.
Episodio 6: Optimus cerca di impadronirsi dell'Allspark, ma Megatron intuisce il suo piano e ordina di attaccare gli Autobot, che ricevono un aiuto inaspettato.
Episodio 1: Dopo un atterraggio di fortuna in luoghi diversi, gli Autobot e i Decepticon incontrano gli abitanti del pianeta e rimangono scioccati nello scoprire chi sono.
Episodio 2: Megatron acquisisce un vantaggio nel localizzare l'Allspark. I Maximal tentano un salvataggio quando i Predacon catturano uno dei loro compagni di squadra.
Episodio 3: Mentre gli Autobot e i Decepticon si avvicinano, l'Allspark attiva un sistema di difesa che altera la percezione e ne interrompe tutte le funzionalità.
Episodio 4: Il continuo utilizzo del Disco d'Oro da parte di Megatron per guidare le sue azioni minaccia di ostacolare il tentativo di Optimus Prime di ottenere l'Allspark.
Episodio 5: Gli Autobot e i Maximal tentano di lanciare l'Arca per tornare su Cybertron. Incontrano una forte resistenza, finché non accade qualcosa di straordinario.
Episodio 6: Passato, presente e futuro si scontrano su Cybertron quando ha inizio lo scontro finale per l'Allspark con alcuni partecipanti inaspettati.